Depuis une dizaine d’années, nous avons accès à de nouvelles technologies de séquençage de l’ADN à haut débit. Ces technologies ont révélé un univers insoupçonné chez l’homme : le microbiote humain. Le microbiote désigne l’ensemble du paysage microbien, un recensement de tous les acteurs présents, alors que le microbiome désigne l’ensemble des gènes actifs au sein de ce microbiote. Il est donc indispensable, dans un premier temps, de connaître les acteurs présents puis de déterminer la façon dont cette collectivité fonctionne. Les premiers travaux dans ce domaine ont été réalisés sur le tractus digestif, notamment pour étudier le comportement de probiotiques qui sont des micro-organismes vivants (bactérie ou levure, en particulier ferment lactique) lesquels, ingérés en quantité suffisante, ont un effet bénéfique sur la santé en améliorant l’équilibre de la flore intestinale. Ils sont issus de l’industrie agroalimentaire.

Les résultats concernant la peau ont commencé à s’accumuler notamment depuis la création du Human Microbiome Project en 2008 par les National Institutes of Health (NIH) aux États-Unis [1]. L’objectif est clairement affiché : étudier le microbiote humain en lien avec la santé. Bien que le microbiote humain soit constitué de bactéries, de levures, de champignons et de virus, l’essentiel des études ont été menées sur le règne bactérien, appelé également règne des protistes procaryotes. Parmi ces quatre acteurs du microbiote humain, les bactéries sont majoritaires. Elles représentent 1,5 kg de bactéries pures pour un individu de 75 kg et représentent entre 1 et 10 fois le nombre de nos propres cellules humaines.

Le microbiote est organisé en une vaste chaîne alimentaire dans laquelle la bactérie est centrale : il faut entre 100 et 1 000 bactéries pour nourrir une levure comme les Malassezia ou les Candida, et la population virale – les phages (virus spécifiques des bactéries) – dépend directement de la population bactérienne présente – et obligatoirement vivante – qui lui sert de substrat. Actuellement, les articles concernant le microbiome parlent en fait du “bactériote”. Les bactéries qui colonisent l’être humain lui apportent une armure invisible sur la peau et le protègent d’invasions d’autres micro-organismes aux intentions peu pacifiques, éduquent son système immunitaire cutané, lui procurent des vitamines et d’autres[...]

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